ยาปฏิชีวนะรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด ผู้ป่วยบางรายมีอาการกำเริบ กลุ่มวิจัยที่มหาวิทยาลัยบาเซิลได้ค้นพบว่าทำไมแบคทีเรียบางชนิดถึงสามารถอยู่รอดได้ด้วยยาปฏิชีวนะ ทีมงานได้เปิดเผยตำแหน่งที่แบคทีเรียซ่อนตัวอยู่ในร่างกาย และวิธีที่ระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายเองก็มีบทบาทสำคัญเช่นกัน การติดเชื้อเกิดจากแบคทีเรียและมักจะรักษาได้ดีด้วยยาปฏิชีวนะ

อย่างน้อยก็ตราบเท่าที่แบคทีเรียไม่ดื้อยา อย่างไรก็ตาม การกำจัดแบคทีเรียอย่างสมบูรณ์ไม่สามารถทำได้เสมอไป ในผู้ป่วยบางราย แบคทีเรียบางชนิดรอดชีวิตจากการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะและอาจทำให้เกิดโรคกำเริบได้ นักวิทยาศาสตร์ได้พยายามค้นหาสาเหตุที่ยาปฏิชีวนะไม่สามารถฆ่าเชื้อแบคทีเรียได้ทั้งหมดเป็นเวลานาน ดังนั้นจึงไม่มีความรู้สึกไว แต่มีบางพื้นที่ในเนื้อเยื่อที่เชื้อ Salmonella ที่ก่อให้เกิดไข้ไทฟอยด์สามารถอยู่รอดได้ไม่มากก็น้อยโดยที่ไม่ได้รับผลกระทบจากภูมิคุ้มกันของร่างกาย